智擒鳌拜，康熙六年（1667年）六月，首辅索尼病故清朝的重大案件。七月初七，14岁的康熙帝正式亲政，在太和殿受贺，大赦天下。但仅十天后，鳌拜即擅杀同为辅政大臣的苏克萨哈，数天后与遏必隆一起进位一等公，实际政局并不受康熙帝直接掌控，当时，康熙帝经常召集少年侍卫在宫中作扑击之戏，康熙八年五月十六日（1669年6月14日），他突然命令这些侍卫在鳌拜进见时将其逮捕。大臣商议鳌拜大罪三十条，请求诛其族，康熙帝念鳌拜功劳，赦死罪而拘禁，但诛杀了鳌拜的很多弟侄亲随及党羽，不久鳌拜死于禁所。仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公。康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。
平定三藩，康熙十五年（1676年），陕西王辅臣和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。广东的尚之信也于康熙十六年（1677年）投降。陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成，康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川，康熙二十一年（1681年）冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀，三藩平定。从许多记载来看，清军在平三藩时曾造成屠杀平民事件，不仅仅在川滇，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少，“剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类”。
统一台湾
康熙二十年（1681年），郑经中风而死，明郑发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。福建总督姚启圣认为是进攻台湾的好时机，向康熙帝推荐施琅，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖大败刘国轩所率领的郑氏海军，随后明郑纳土归降。康熙二十三年（1684年），清政府在台湾设一府（台湾府）三县，即台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
