即位后，嘉靖皇帝想追封亲生父亲兴献王为皇帝，而众大臣却坚持认为嘉靖皇帝应过继到明孝宗膝下，以保证嫡系即位的正统不受歪曲。一边是至高无上的皇帝，一边是维护正统的群臣，谁也不肯作出让步。嘉靖三年，吏部侍郎何梦春、修撰杨慎带领200余名朝臣冒死进谏，长跪左顺门下嚎哭不起。
嘉靖皇帝不仅不为所动，反而令侍卫将群臣逮捕，施以廷杖之刑，更将18人杖死，毫不留情。嘉靖在位期间，直谏敢言之臣不是被杀就是被贬，剩下的，尽是敢怒不敢言之辈。如此一来，海瑞的大胆进谏就成了非常时期的 非常之事。嘉靖四十三年，海瑞任户部主事。他对嘉靖时期的“君道不正，臣职不明”深 感忧虑。
当时的嘉靖皇帝已经二十多年不上朝，整天深居西苑不出，斋醮玄修，妄 求长生不老。海瑞忧国忧民，眼看国力日衰，不得不冒死向皇帝呈上《治安疏》， 直言不讳地批评嘉靖皇帝迷信道教，大兴土木，竭尽民脂民膏；不事朝政，以至法 纪废弛；听信道士妖言，不与皇子们相见，以至父子之情淡薄；在西苑深居不回宫 城，导致夫妇之情淡漠；正是这些荒唐的举止，导致“天下不直陛下久矣！”海瑞果然胆识过人。
面对如此蛮横的皇帝，语气稍重都得提心吊胆，更何况句 句铿锵，言之凿凿，直指皇帝的为政弊端？就连海瑞自己也预计到上疏之后难逃一 死，事先安排好了后事。然而，结果却出人意料。虽然嘉靖皇帝看后勃然大怒，命随侍的宦官“趣执之，无使得遁”，然而在得 知“此人素有痴名。
闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，童 仆亦奔散无留者，是不遁也”之后，嘉靖皇帝沉默良久，拿起奏疏反复阅读。最终 只将海瑞关押入狱，并未执行死决。对于嘉靖皇帝没有立斩海瑞的原因，后人做出了不少推测。一说海瑞官职虽 小，却有清正刚直之名。
其居官清廉，刚直不阿，救济黎民，有“海青天”之称， 深得百姓尊敬与爱戴。若杀海瑞，则天下震动。二说嘉靖皇帝欣赏海瑞，认为可以 “以作治贪之利器”。三说嘉靖为向天下人展示其虚怀纳谏、宽宏大量帝王气量，故 放海瑞一条生路。当然，也有人另辟蹊径，从《治安疏》中寻找答案。
海瑞上疏，开篇即将嘉靖 皇帝比为汉文帝，更言“陛下天资英断，过汉文远甚”。在此前提下，才开始列举 当今朝政之弊端，并将弊端之源归于“陛下误举之，而诸侯误顺之，无一人肯为陛 下正言者，谄之甚也”。尽显“皇帝英明”而罪在他人之意。尤其是奏疏的结尾， 海瑞又将嘉靖皇帝与“尧、舜、禹、汤、文、武”并列，只要“陛下一振作间而 已”，则“天下何忧不治”？如斯谏言，只要有机会让皇帝静心细读，便能体会其中 的用心良苦，可免杀身之祸。
这正是海瑞的过人之处。上疏之事，让海瑞天下闻名，流芳千古。史说“上自九重，下及薄海内外，无 不知有海主事也”。值得一提的是，海瑞入狱不到两个月，嘉靖皇帝驾崩，新君即 位后便下诏释放海瑞。若非如此，恐怕海瑞躲得过阎罗王的召见，也逃不过不见天 日的牢狱之灾了。
