新算法可初期检验污水中新冠病毒变异株

新算法可初期检验污水中新冠病毒变异株 【国际战“疫”行动】

科技日报讯 (实习记者张佳欣)据近日发布在《自然》杂志里的论文，加州大学圣迭戈校区和斯克利普斯研究所合作开发了一种名为“Freyja”的算法，用以在早期检验污水里的新冠病毒变异株，只需两茶匙没经解决的废水，就可精确测量新冠病毒变异株。

斯克利普斯研究所研究人员开发了一个“条码”库，可依据每个变异株独有的短RNA片段来鉴别新冠病毒变异株，并撰写了一种新算法，根据挑选污水里的大量遗传物质来配对这些条码。从而生成的免费程序Freyja，已经被美国公共卫生组织普遍用以废水监测。

研究人员表明，在实验室对污水样版开展转录组测序后，只需运作Freyja，20秒就可获得结果。当研究人员将Freyja用于污水样版并把结果与圣地亚哥市的临床数据开展较为时，他们发现该工具在临床汇报前14天就在污水中检测出了“值得关心的变异株”，包含埃尔法、德尔塔和奥密克戎变异株。

2021年7月27日，研究人员在美国加州大学圣迭戈校区的污水中检验到缪变异株9(B.1.621)，这是在校园首次临床检测的4周前检验出去的。同年11月27日，该团队仍在圣迭戈首次临床汇报前11天检验到污水里的奥密克戎变异株