可执行文件型病毒、蠕虫(worm)病毒、脚本病毒的防范通过安装GPL查杀病毒软件基本可以防范。服务器端可以使用avast! for Linux/Unix Servers它是工作在命令行下的，运行时可以较少占用系统资源。工作站用户可以选择avast! Linux Home Edition，可以运行在任何X-Windows环境下面，比如KDE或Gnome等。
对于后门程序防范可以采用LIDS(。lids。org/ )和Chkrootkit(。chkrootkit。org/ )，LIDS是Linux内核补丁和系统管理员工具(lidsadm)，它加强了Linus内核。
可以保护dev/目录下的重要文件。而Chkrootkit可以检测系统的日志和文件，查看是否有恶意程序侵入系统，并且寻找关联到不同恶意程序的信号。最新版本的Chkrootkit0。48可以检测出sniffers、Trojans、worms、rootkit等59种。
代理服务器squid是一款非常优秀的代理服务器软件，但是并没有专门的病毒过滤功能。可以考虑使用德国开放源码爱好者开发的一款基于Linux的病毒过滤代理服务器——HAVP(。server-side。de/ )。HAVP病毒过滤代理服务器软件既可以独立使用，也可以与Squid串联使用，增强Squid代理服务器的病毒过滤功能。
提供邮件服务是Linux服务器中重要应用。可以使用ClamAV(。clamwin。com/ )，ClamAV 全名是 Clam AntiVirus，它跟Liunx一样强调公开程序代码、免费授权等观念，ClamAV 目前可以侦测超过40,000 种病毒、蠕虫、木马程序，并且随时更新数据库，有一组分布在世界各地的病毒专家，24小时更新及维护病毒数据库，任何人发现可疑病毒也可以随时跟她们取得 联系，立刻更新病毒码，在极短的时间内，网络上采用ClamAV的邮件服务器就完成最新的防护动作。
另外在Linux服务器上推荐使用命令行防病毒工具，虽然Linux桌面应用发展很快，但是命令行(shell)在Linux中依然有很强的生命力。即使在X Window下，系统管理员经常也要与命令行打交道，使用键盘次数要明显高于鼠标。对于Linux系统管理员来说，在命令行下操作的重要性是不言而喻的。
因为启动X—Window管理器将会消耗大量系统资源。
