当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么共同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。
而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手VERMOUTH。
后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是VERMOUTH假扮的，营救之后找她问事情原由。原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。柯南看到VERMOUTH也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？（秘密！说出来就没意思了）而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。
（通过黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比）之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当CHIANTI的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而KORN的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”，两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。
当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。——|||佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。
故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单，小兰为了保护柯南与IRISH发生激斗，被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）柯南为了保护小兰引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，而是要带柯南去见“那位大人”，以GIN的重大过失来扳倒GIN，因为GIN轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的PISCO。
所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~就在他要擒住柯南的时候，GIN等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在GIN的要求下不断向前走之后，CHIANTI开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……柯南想救IRISH，这时IRISH明白了VERMOUTH为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了……之后GIN抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。
而GIN还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。（真是个天大的奇迹）—— 就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明，不但脱险，还打掉了GIN的飞机。
（好强悍的发明）众多警察赶到，营救成功~~~欢喜大结局！看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的VERMOUTH不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”（好多字，累……）后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。
